Seine paläontologischen Forschungen im Rahmen der Welfengeschichte stützten sich unter anderem auf gefundene Versteinerungen und geologische Formationen. 1685 besuchte Leibniz die Einhornhöhle bei Scharzfeld im Harz, außerdem beschäftigte er sich mit den Funden in den Gipsbrüchen am Seweckenberg bei Quedlinburg. In seiner Abhandlung „Protogaea“ führte Leibniz die damals verbreitete Ansicht über das Einhorn zusammen: Aus gefundenen Knochen unterschiedlichster Tiere „rekonstruierte“ er sein „Einhorn“.
Die Fossilienforschung
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Die im Steinbruch bei Thiede gefundenen Fossilien wertete Leibniz als Fund eines prähistorischen Lebewesens, was zu der Zeit als revolutionär gelten kann. Zu der Zeit wurden Fossilien eher „göttlichen Wesen“ zugeschrieben. Es war nicht vorstellbar, dass etwas vor dem Menschen und der damals bekannten Tierwelt existiert haben könnte, mit Ausnahme von mythischen und göttlichen Gestalten.
An den Anfang der Welfengeschichte wollte Leibniz erdgeschichtliche Untersuchungen zum niedersächsischen Raum stellen. Hierbei stützte er sich auf gefundene Versteinerungen und geologische Formationen. Leibniz gilt als Pionier der Höhlenkunde und als Mitbegründer der Paläontologie, da er Fossilien nicht als Naturspiele betrachtete, sondern darin Versteinerungen früherer Organismen erkannte. Leibniz hatte seine „Protogaea“ bereits 1694 fertiggestellt, veröffentlicht wurde sie aber erst 1749 von Christian Ludwig Schneidt, von dem auch der heutige Titel stammt.
Die Urnenzeichnungen
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Leibniz hatte die Bedeutung von Urnen- und Bodenfunden erkannt, wie seine aus dem Nachlass zusammengestellten „Leibnitiana de urnis et tumulis veterum Germanorum" bezeugen.
Einhundert Jahre vor Blumenbach, dem „Entdecker des Mammuts“, hatte bereits Leibniz in seinem Werk „Protogaea“ einen Mammutzahn abgebildet. Darin deutete der Gelehrte den Fund allerdings als Zahn eines Meerestieres. Dieser Meileinstein der Archäologie ist heute in Göttingen zu besichtigen.
